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城镇污水处理费用来源，应坚持收费为主、公共财政补贴为辅的原则。在一定时期内，为推动行业快速发展，需要一定的公共财政补贴，但不能长期依赖公共财政，必须合理划分收费和财政补贴的权责界线，明确哪些成本应该由财政负担，哪些必须由污染者负担，否则，财政状况不佳的城市或地区，污水处理行业将无法正常发展。事实上，征收标准理应满足行业发展的要求，为行业可持续发展奠定基础。
公共财政对污水处理的补贴，应明确补贴范围及优先序，体现公平。《意见》提出，污水处理费补偿的成本不含污水收集和输送管网建设运营成本，换言之，相应的成本应主要由公共财政负担。这主要是考虑到污水收集管网的公共属性更强，具体来说，一是考虑目前的管理模式，多数地方污水处理实行厂网分离，污水处理企业一般仅负责污水处理厂的建设和运营，管网一般由市政部门或其所属的事业单位负责；二是从资金来源上讲，目前各地均已收取城市基础设施配套费，这部分费用中应包含排水管网等基础设施建设资金；三是从实际可操作性来看，多数城市污水收集管网的折旧和维护成本要高于污水处理厂的运行维护成本，如果将管网成本纳入污水处理费，收费标准将大幅提升，超出居民和企业的可承受能力。
此外，目前建制镇普遍没有开征污水处理费，但建制镇污水集中处理已经逐步展开，亟须建立污水处理收费制度。《意见》提出，具备污水集中处理条件的建制镇要建立污水处理收费制度，并同步开征污水处理费，这是补齐短板的必然要求，但考虑到开征初期的困难，特别是针对建制镇污水处理不具有规模效应、单位成本较高等问题，以及建制镇企业和居民的承受能力，初始标准不宜太高，在一定时期内，建制镇污水处理应是财政补贴的一个重点。
